Kam die Festung je zum Einsatz?Dann begann der Bürgerkrieg und man war sicher, dass Alcatraz ein begehrtes Angriffsziel werden würde. Zu diesem Zweck wurden 350 Männer auf die Insel beordert, aber sie wurde niemals angegriffen. Obwohl es eine Reihe an Drohungen gab und man fest annahm, dass ein Angriff jederzeit stattfinden würde, blieb die Insel unbehelligt. Im Jahr 1863 gelang es dem Militär, drei Verschwörer zu entlarven und diese wurden verhaftet. Diese hätten einen Angriff auf die Insel anzetteln können, aber diese Pläne wurden im Vornherein vereitelt. Als der Krieg zu Ende war, war es kein geringerer als Abraham Lincoln, der die drei begnadigte. Es gab keinen Grund mehr, sie zu bestrafen. Fort Alcatraz jedenfalls war heil geblieben.